Работа с базой данных InterPro

Описание документа InterPro

В базе данных InterPro провели поиск документов по AC, получили список из пяти записей. Для каждой записи посмотрели ее содержание. К сожалению, оказалось, что в поле "Signatures" для всех записей дано только по одной подписи, относящиеся к различным базам данных, поэтому мы выбрали ту запись, в которой было больше всего белков.

Описание выбранной записи:

Идентификатор документа в базе данных InterPro (код доступа) - IPR012337; Идентификатор документа в базе данных SuperFamily - SSF53098.
Полное название - Polynucleotidyl transferase, Ribonuclease H fold.
Общее количество белков, в которых обнаружены соответствующие мотивы - 18403.

Данная подпись (IPR012337) находится в отношениях родства с другими подписями, ниже приводится дерево, иллюстрирующее это родство:

Так же в описании данной записи содержится общая информация о семействе, информация о том, где встречаются белки содержащие данный домен (по группам организмов и по белкам), также содержатся примеры белков и информация о публикациях.

Описание всех подписей в белке DPO3E_ECOLI, собранные в БД InterPro

Графический файл с изображением всех мотивов в последовательности:

Название подписи

Положение в последовательности DPO3E_ECOLI

Полное название базы данных

* Название организации, поддерживающей данную БД.

* Город и страна

dnaq

6-225

TIGRFAMs

The Institute for Genomic Research

Rockville, USA

EXOIII 7-184 SMART - -

dnaQ_proteo 7-243 TIGRFAMs The Institute for Genomic Research Rockville, USA

RNaseH_fold 6-202 SuperFamily

MRC Laboratory of Molecular Biology European Bioinformatics Institute
Stanford University

Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон.
Стенфорд, США.

Exonuc_X-T Pfam 8-175

Sanger institute

Washington University

Karolinska Institutet

Institut National de la Recherche Agronomique

Korean Institute of Science and Technology Information

Великобритания, Кэмбридж.
США, Сент-Луис.
Швеция, Стокгольм.
Франция, Париж.
Южная Корея, Сеул.

Примечание: При поиске дополнительных данных по базе данных SMART ничего не было найдено.

Название подписи	Положение в последовательности DPO3E_ECOLI	Полное название базы данных	* Название организации, поддерживающей данную БД.	* Город и страна
dnaq	6-225	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	Rockville, USA
EXOIII	7-184	SMART	-	-
dnaQ_proteo	7-243	TIGRFAMs	The Institute for Genomic Research	Rockville, USA
RNaseH_fold	6-202	SuperFamily	MRC Laboratory of Molecular Biology European Bioinformatics Institute Stanford University	Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон. Стенфорд, США.
Exonuc_X-T	Pfam	8-175	Sanger institute Washington University Karolinska Institutet Institut National de la Recherche Agronomique Korean Institute of Science and Technology Information	Великобритания, Кэмбридж. США, Сент-Луис. Швеция, Стокгольм. Франция, Париж. Южная Корея, Сеул.